연구개발(R&D)에 투자하는 비용의 일부를 세액에서 공제해주는 R&D 세액공제 제도가 기업의 연구개발비용을 증가시켜 매출과 특허를 늘리는 데 효과가 있다는 분석 결과가 나왔다.

24일 조세재정연구원이 실시한 '연구·인력개발비에 대한 세액공제 조세특례 심층평가'에 따르면 R&D 세액공제 제도는 기업의 연구개발비를 연평균 7억2027만원 증가시킨 것으로 나타났다.

R&D 세액공제는 기업이 R&D나 인력 개발에 투자한 비용을 법인세에서 공제하는 제도다. 가장 공제율이 높은 국가전략기술은 중소기업 50%, 중견·대기업은 40%의 공제율이 적용된다.

조세연은 “중소기업의 경우 R&D 지출액을 연평균 3억2582만원 증가시켰다”며 “이는 2015~2022년 기간 우리나라의 R&D 세액공제 제도에 의해 기업들의 R&D 지출이 유의미하게 증가했음을 시사한다”고 분석했다.

또 기업들의 연평균 특허 및 실용신안 출원 개수도 0.70개 증가시켰다. 중소기업의 경우 분석 기간 중 특허 및 실용신안 신규출원 개수가 연평균 0.41건으로 전체 중소기업 평균 출원 개수 대비 127% 증가한 것으로 분석됐다.

R&D 세액공제는 인해 매출과 총자산에도 긍정적 영향을 줬다. 분석 기간 매출액 성장률은 평균 2.6%P, 총자산성장률은 2.3%P 더 증가했다.

조세연은 이같은 분석 결과를 토대로 “R&D 과세특례 제도는 민간 혁신활동 제고에 중요한 역할을 수행하고 있다”며 “제도 일몰 연장을 건의한다”고 주문했다.

다만 과세특례로 인한 조세지출액 증가 속도를 완화하는 방안을 강구해야 한다고 덧붙였다. R&D 세액공제에 따른 조세지출액은 2022년 3조7200억원에서 올해는 4조7000억원으로 1조원 가량 증가할 전망이다.

조세연은 “세액공제율 수준 하향 조정, 증가분 방식으로의 개편, 공제 한도 설정 등을 고려해볼 필요가 있다”고 지적했다.